Una vez borrados estos IsShortCut, bastará con reiniciar la máquina para no ver más esas flechitas.
Para volver a hacer que aparezcan las flechitas vamos a:
HKEY_CLASSES_ROOT\lnkfile\
Y en la pantalla de la derecha damos al botón derecho del ratón en una zona libre y elegimos nuevo/valor alfanumérico y le ponemos de nombre IsShortCut.
A continuación vamos a:
HKEY_CLASSES_ROOT\piffile\
Y en la pantalla de la derecha damos al botón derecho del ratón en una zona libre y elegimos nuevo/valor alfanumérico y le ponemos de nombre IsShortCut.
Al hacer esto la próxima vez que reiniciemos volveremos a tener las flechitas en los accesos directos.